Bagi Wajib Pajak yang terdaftar pada Kantor Pelayanan Pajak  Madya termasuk Kantor Pelayanan Pajak di lingkungan Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Pajak Jakarta Khusus dan Kantor Pelayanan Pajak di lingkungan Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Pajak Wajib Pajak Besar mulai 1 Juli 2009  wajib menyampaikan SPT  berupa Surat Pemberitahuan Masa Pajak Penghasilan, Surat Pemberitahuan Tahunan Pajak Penghasilan, dan Surat Pemberitahuan Masa Pajak Pertambahan Nilai dalam bentuk elektronik (e-SPT). Walaupun sebelumnya telah diatur  kewajiban penyampaian SPT Wajib dalam bentuk e-SPT, namun tidak ada sanksinya jika Wajib Pajak tidak menyampaikan SPT dalam bentuk e-SPT.  Dengan ketentuan yang baru maka terdapat kejelasan mengenai sanksinya jika Wajib Pajak  menyampaikan SPT tidak dalam bentuk eSPT. Ketentuan yang baru tersebut diatur dalam Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor- 6/PJ/2009 tanggal 20 Januari 2009 tentang Tata Cara Penyampaian Surat Pemberitahuan Dalam Bentuk Elektronik.

Saat Mulainya Penyampaian SPT dalam Bentuk Elektronik

Saat dimulainya penyampaian e-SPT diatur dengan ketentuan sebagai berikut:

1. Bagi Wajib Pajak yang telah ditetapkan terdaftar di berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pajak yang berlaku sebelum Peraturan Direktur Jenderal Pajak ini ditetapkan, terhitung sejak tanggal 1 Juli 2009.
2. Bagi Wajib Pajak yang ditetapkan terdaftar di KPP berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pajak yang berlaku setelah berlakunya Peraturan Direktur Jenderal Pajak ini, terhitung awal bulan keenam setelah bulan Wajib Pajak ditetapkan.

Sanksi Menyampaikan SPT Tidak dalam Bentuk Elekronik

Wajib Pajak yang dalam menyampaikan SPT:

1. tidak memenuhi ketentuan menyampaikan SPT dalam bentuk elektronik (e-SPT).; atau
2. memenuhi ketentuan di atas tetapi tidak melampirkan keterangan dan/atau dokumen lain yang harus dilampirkan sesuai dengan ketentuan yang berlaku,

dianggap tidak menyampaikan SPT dan dikenakan sanksi sesuai dengan peraturan perundang-undangan perpajakan.

Cara Penyampaian SPT dalam Bentuk Elektronik

Penyampaian e-SPT oleh Wajib Pajak ke KPP tempat Wajib Pajak terdaftar dapat dilakukan:

1. secara langsung atau melalui pos/perusahaan jasa ekspedisi/kurir dengan bukti pengiriman surat dengan membawa atau mengirimkan formulir Induk SPT Masa PPh dan/atau SPT Masa PPN dan/atau SPT Tahunan PPh hasil cetakan e-SPT yang telah ditandatangani dan file data SPT yang tersimpan dalam bentuk elektronik serta dokumen lain yang wajib dilampirkan; atau
2. melalui e-Filing sesuai dengan ketentuan yang berlaku.

Pembetulan SPT

1. Pembetulan atas SPT yang telah disampaikan dalam bentuk elektronik (e-SPT), wajib disampaikan dalam bentuk elektronik (e-SPT).
2. Pembetulan atas SPT yang telah disampaikan dalam bentuk kertas (hardcopy), dapat disampaikan dalam bentuk elektronik (e-SPT) atau dalam bentuk bentuk kertas (hardcopy).